1973 nahm er als wissenschaftlicher Mitarbeiter der Universität des Saarlandes in Saarbrücken unter Leitung von Rolf Hachmann an den Ausgrabungen des Tell Kamid el-Loz (Kumidi) im Libanon teil. 1974 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter der Universität des Saarlandes an der von Winfried Orthmann geleiteten Ausgrabung der 5000 Jahre alte Stadtanlage Tall Munbāqa (auch Ekalte (Mumbaqat)) in Nordsyrien. 1977 wurde Maurer zum Grabungsleiter in Mumbaqat in Syrien für die Deutsche Orient-Gesellschaft und die Universität des Saarlandes berufen. Gleichzeitig übernahm er eine Stelle als Dozent für Städtebau, Architektur und Archäologie in seiner Heimatstadt. Zugleich war er als Architekt und Bauforscher tätig. Unter anderem war er in den 1980er Jahren an der Sanierung und Denkmalpflege des Saarbrücker Schlosses beteiligt.
Alfred Werner Maurer engagierte sich auch im Bereich des Sports, er war Vorstandsmitglied im Deutschen Fechter-Bund.
Die Baugeschichte des Saarbrücker Schlosses und deren Erforschung. In: Jürgen Karbach, Paul Thomes (Hrsg.): Beiträge zum Stengel-Symposion anläßlich des 300. Geburtstages von Friedrich Joachim Stengel am 29./30. September 1994 im Saarbrücker Schloß. In: Zeitschrift für die Geschichte der Saargegend (ISSN0513-9058), 43/1995, S. 177–217.
mit Erich Fissabre: Gestaltbild Barockschloss Saarbrücken 1739–1748. Methoden, Arbeitsweisen, Quellen der Rekonstruktion. Selbstverlag, 1980.
mit Erich Fissabre: Synthese zwischen Alt und Neu. ZIP Zentrum für innovative Produktion in Saarbrücken. In: ZIP Zentrum für innovative Produktion. Saarbrücken 1996, S. 19–31.
Mumbaqat 1977. Bericht über die von der Deutschen Orient-Gesellschaft mit Mitteln der Universität Saarbrücken unternommene Ausgrabung. Basel 2007.
↑Spielbank Saarbrücken (Memento des Originals vom 23. September 2015 im Internet Archive) Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis. auf www.detail360.de, abgerufen am 20. August 2013
↑Villen mit Rudolf Olgiati (Memento des Originals vom 23. September 2015 im Internet Archive) Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis. auf www.detail360.de, abgerufen am 20. August 2013
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